港口通关电子平台的建设是一项庞大而复杂的系统工程，所以必须在总体规划的前提下，按轻重缓急的要求合理规划各项目的建设周期，然后分步实施。而通关则是港口通关电子平台的重点，港口通关电子平台的设计不仅要考虑到自身的特点，同时要考虑到与东莞电子口岸的接入方式。
因此港口通关电子平台的建设分为三个阶段，第一阶段：主要解决港口快速通关问题：通过协同作业，实现船舶，货物的快速通关；以关港数据交换为核心，协同作业及数据共享与交换；实现流程清晰化，基础设施完善。第二阶段：扩展通关相关业务功能。第三阶段：增加与通关相关的附加业务，提高虎门港通关电子平台的附加值。
第一阶段：主要解决港口的通关问题。东莞对外贸易的发展水平紧随深圳市列全省第二位，2008年全市进出口总额达到1134.2亿美元的水平，占全省的16.6%。而现在影响对外贸易的瓶颈就是通关速度缓慢，信息多次报送，以快速通关，协同作业为重点，建设关港数据交换是建设虎门港通关电子平台的基本核心。
港口通关电子平台既面向海关、海事、检验检疫、边检等口岸管理单位，又面向货主、货代、船公司、船代、报关行、港务、理货、运输公司等相关企业，是一个多方协作的信息服务平台。其建设需要多方共同支持，其服务面向多方用户。通过对原始数据的转化，多方面进行数据交换、数据共享、数据门户等方式整合各参与方资源，实现海运物流各环节的企业与企业之间、监管单位与监管单位之间、企业与监管单位之间的协同工作。
第二阶段：主要针对通关、物流业务提供信息服务，提高政府、港口作业效率。在通关信息透明化的基础下，虽然实现了通关信息共享，但是如果没有给出针对业务方面的服务，没有提高政府办公，改善港口作业效率，方便金融保险办理，依旧会成为东莞物流行业的阻梗，因此，二期工作的重点就放在了改善作业和办公效率上，为客户的通关、物流业务提供全方位的高效率服务。
第三阶段：实现附加值服务，统一规划物流运输，与其他口岸平台进行对接。因为货物信息已经全面整合，因此，要对铁路运输，公路运输，水路运输进行全面的管理和调控。有效的使用各种运输设备，为整个物流链企业服务，提高物流的效率。并且不仅仅局限于地域的电子口岸，要同其他区域的电子口岸相结合，形成一个大区域的快速物流体系；同时要给客户提供一些有附加值的，方便用户使用的业务系统，使客户觉得使用我们的平台不仅仅是快捷便利，并且还是物超所值的。同时考虑把虎门港通关电子平台的理念和建设思路推广到东莞地区其他码头，为东莞地区其他码头建设通关电子平台预留接口，以及打下坚实基础。
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